Šobrīd EK šaubās, vai šie pasākumi ir veikti atbilstoši noteikumiem, kādiem būtu piekritis privāts uzņēmējs tirgus apstākļos. Padziļinātas izmeklēšanas sākšana dod visām ieinteresētajām trešajām personām iespēju izteikt viedokli par izvērtējamajiem pasākumiem. Tas neietekmē izmeklēšanas rezultātus. Satiksmes ministrija norādījusi, ka Latvijas puse turpinās jau līdz šim noritošo regulāro komunikāciju ar EK atbildīgajiem dienestiem, izmantojot iespēju viest vairāk skaidrības ar akcionāru maiņu un finansējuma piesaisti saistītajos jautājumos.
Kopš 2008. gada airBaltic bija finansiālas grūtības, kā rezultātā 2010. un 2011. gadā uzņēmums cieta būtiskus zaudējumus un tam bija negatīvs pašu kapitāls, un tika veikti vairāki valsts atbalsta pasākumi. Komisija ar Latvijas atbalsta pasākumiem sāka iepazīties pēc savas iniciatīvas, kā arī saņēma divas sūdzības - no bijušā akcionāra Baltijas Aviācijas sistēmas (BAS)un BAS valdes locekles Ingas Piternieces.
Padziļinātajā izmeklēšanā galvenā uzmanība tiks pievērsta vairākiem pasākumiem. EK pētīs aizdevumu 16 miljonu latu apmērā, ko Latvija piešķīra 2011. gada oktobrī, vēlāk decembrī ievērojami samazinot aizdevuma procentu likmi. Tāpat tiks izmeklēta otrā aizdevuma pirmā daļa 41,6 miljonu latu apmērā, ko Latvija piešķīra 2011. gada decembrī. Tiks vētīts pamatkapitāla palielinājums, par ko 2011. gada decembrī vienojās Latvija un SIA BAS, kapitalizējot aizdevumu un BAS veicot skaidras naudas ieguldījumu. Tiks pārbaudīta airBaltic 2010. gadā emitēto nulles kupona obligāciju iegāde, ko veica Latvija un BAS, vairāki pārskaitījumi un maksājumi, ko airBaltic uzdevumā vai par labu airBaltic veica nacionalizēta banka, un prasījuma tiesības, ko Latvijas valsts nodeva airBaltic par vienu latu. LETA