FM atalgojuma sistēma ir caurspīdīga un atbilst Valsts un pašvaldību institūciju amatpersonu un darbinieku atlīdzības likumam, kā arī Ministru kabineta noteikumiem. Valsts kontroles ziņojumā par atlīdzības noteikšanu FM nav konstatējuma, ka, nosakot atlīdzību, nebūtu ievēroti normatīvie akti un atlīdzība būtu noteikta pretrunā ar tiem.
FM centrālā aparāta darbinieku atlīdzības izdevumu segšana 2011. gadā tika nodrošināta ministrijas resoram piešķirtā finansējuma ietvaros, kas tāpat kā visā valsts pārvaldē bija samazināts atbilstoši ekonomiskās krīzes apstākļiem. Neraugoties uz samazināto finansējumu atlīdzībai, FM kā prioritāti noteica augsti kvalificētu personālu, tāpēc, lai nodrošinātu šiem darbiniekiem atbilstošu atlīdzību, tika pārstrukturizēti izdevumi ministrijas resora bāzes izdevumu ietvaros, nepalielinot kopējos ministrijas resora bāzes izdevumus.
Taču neraugoties uz atalgojuma palielinājumu, ko FM veica tai piešķirtā finansējuma ietvaros, kvalificētu speciālistu aizplūšana no FM zemā atalgojuma dēļ netika apturēta.
Tāpat jābilst, ka FM, ievērojot vienotās atalgojuma sistēmas noteikto, 2011. gada sākumā darbiniekiem izmaksāja tikai vidēji 60% no atalgojuma skalas likumā paredzētājiem griestiem.
Jāuzsver, ka valsts pārvaldē tāpat kā jebkurā citā iestādē ir jāievēro Darba likuma normas attiecībā uz nostrādāto darba laiku. Darba likums neparedz valsts pārvaldē strādājošajiem nenormētu darba laiku, tas nozīmē, ka darbinieka darba laiks nedrīkst pārsniegt astoņas stundas dienā (40 stundas nedēļā).
Jāatzīmē, ka Valsts un pašvaldību institūciju amatpersonu un darbinieku atlīdzības likums tāpat kā Darba likums nosaka, ka darbiniekam, savstarpēji vienojoties ar daba devēju, ir pieļaujams virsstundu darbs. Saskaņā ar atlīdzības likumu par šo darbu darbiniekam ir tiesības saņemt piemaksu 100% apmērā no viņam noteiktās stundas algas likmes.
Jāatgādina, ka ekonomiskās krīzes laikā FM nodrošināja sarežģītu valsts budžetu projektu sagatavošu, kas ietekmēja visu sabiedrību, tāpēc FM atbilstoši valdības plāniem bija jāveic šo lēmumu aprēķini un analīze bieži vien arī ārpus darba laika, kā arī brīvdienās. Papildus ministrijas speciālistiem steidzami un lielos apjomos valdības uzdevumā bija jāgatavo informācija starptautisko aizdevēju misijām.
FM 2011. gadā strādāja 345 darbinieki. Šajā gadā FM apmaksāja vidēji 2,7 virsstundas vienam darbiniekam mēnesī. Virsstundu skaits ministrijas darbiniekiem mēnesī veidoja 2% pret kopējo darba laiku. Vidēji mēnesī virsstundas 2011. gadā ir bijušas 88 darbiniekiem jeb 25% no strādājošiem, un atbilstoši Darba likumam un Valsts un pašvaldību institūciju amatpersonu un darbinieku atlīdzības likumam virsstundu darbs ir uzskaitāms un apmaksājams. FM ir izveidota darba laika uzskaites sistēma, kas ļauj arī uzskaitīt nostrādātās virsstundas.
Gadījumā, ja valsts pārvaldes darbinieks aizvieto prombūtnē esošu kolēģi vai veic vakanta amata pienākumus, viņa darba apjoms likumsakarīgi palielinās un par šo papildu pienākumu veikšanu viņam ir tiesības atbilstoši Valsts un pašvaldību institūciju amatpersonu un darbinieku atlīdzības likumam saņemt piemaksu līdz 20% no mēnešalgas.
Jāuzsver, ka 2010. gadā FM darbu pārtrauca 70 darbinieki, tajā skaitā, valsts sekretāra vietnieks, administrācijas vadītājs, divi departamenta direktori, divi departamenta direktora vietnieki – nodaļu vadītāji, divi departamenta direktora vietnieki, trīs nodaļu vadītāji, 7 nodaļu vadītāju vietnieki. Tajā gadā tika pieņemti 52 jaunie darbinieki, bet izsludināti 67 vakanto amatu konkursi, taču 22 amatu konkursi tika noslēgti bez rezultāta. Tādēļ, lai nodrošinātu likumā noteikto funkciju izpildi, nepārprotami pieauga slodze un darba apjoms strādājošajiem.
Tāpat 2011. gadā ministrijā tika izsludināti 68 vakanto amatu konkursi, bet 23 amatu konkursi tika noslēgti bez rezultāta. Iestādei, zaudējot kvalificētu un pieredzējušu personālu, pastāv problēmas nodrošināt funkciju izpildi, īpaši ņemot vērā, ka tiek uzsākta gatavošanās Latvijas prezidentūrai Eiropas Savienībā 2015. gadā. Ņemot vērā, ka FM notiek nepārtraukta personāla mainība, veidojas vakances, kā rezultātā darbiniekiem ir jāpilda papildu pienākumi, par kuriem saskaņā ar likumu ir jāpiemaksā līdz 20% no mēnešalgas.
Valsts un pašvaldību institūciju amatpersonu un darbinieku atlīdzības likums ļauj motivēt labākos darbiniekus, nosakot piemaksu par darba ieguldījumu un darba kvalitāti līdz 20% no mēnešalgas. Lai motivētu kvalificētākos un profesionālākos darbiniekus, Valsts kontroles norādītajā pārskata periodā tika noteiktas piemaksas par personisko ieguldījumu un darba kvalitāti, kā to paredz likums.
Šīs piemaksas bija noteiktas uz laiku 3 mēneši. 2011.gada maijā-jūnijā šāda veida piemaksas tika noteiktas 3 FM darbiniekiem jeb 1% no kopējā ministrijas darbinieku skaita, jūlijā-augustā šādas piemaksas tika noteiktas 83 FM darbiniekiem jeb 22% ar vidējo procentu likmi 14%. Savukārt laikā no 2011. gada 1. septembra līdz 30. decembrim šādas kvalitātes piemaksas tika noteiktas 135 FM darbiniekiem jeb 35% ar vidējo procentu likmi 16%.
Jāņem vērā, ka tautsaimniecībā pieņemams personāla mainības radītājs ir 6-8% gadā, taču FM pagājušajā gadā personāla mainība bija gandrīz trīs reizes lielāka – 19%, tāpēc ilgstošā darbinieku mainība un trūkums radīja papildu slodzi un darba apjomu pārējiem strādājošajiem.