Pašlaik 69 gadus vecais Pekermans Kolumbijas izlasi vadīja kopš 2012.gada. Divās Pasaules kausa izcīņās kopā ar valstsvienību viņš sasniedza atzīstamus rezultātus, 2014.gadā tiekot līdz ceturtdaļfinālam, bet šogad tika sasniegts astotdaļfināls.
Tāpat 2015.gadā viņš Kolumbijas izlasi aizveda līdz ceturtdaļfinālam Copa America turnīrā, bet 2016.gadā palīdzēja izcīnīt bronzas godalgas.
Pekermans iepriekš vadījis arī Argentīnas izlasi, to cīņā vedot 2006.gada Pasaules kausā, kur Argentīna apstājās ceturtdaļfinālā. Vēl viņš bijis arī Argentīnas U-20 valstsvienības galvenais treneris.
Pēc aiziešanas no darba Argentīnas izlasē Pekermans trenēja komandas Meksikā, bet laikā no 2009.līdz 2012.gadam ar vienību trenēšanu nenodarbojās.