Ministrs ceturtdien publiskotajā intervijā aicināja Eiropas Savienību (ES) pastiprināt pasākumus imigrantu skaita ierobežošanai.
Sobotka, kurš pārstāv konservatīvo Tautas partiju, arī aicināja ES dalībvalstis paātrināt noraidīto patvēruma meklētāju deportācijas.
"Frontex paplašināšana ir pirmais solis pareizā virzienā, bet jāseko vēl citiem, lai spētu aizsargāt ES ārējās robežas," norādīja Sobotka, runājot par ES patruļām Vidusjūrā.
"Izveidojusies paradoksāla situācija, kad cilvēki, kuriem nav tiesību uz patvērumu, nevar tikt deportēti atpakaļ uz savām izcelsmes valstīm," viņš piebilda.
Austrija izpelnījusies kritiku par draudiem apturēt savas Šengenas zonas saistības un atjaunot kontroli uz robežas ar Itāliju.
Sobotka sniedza interviju Die Welt pirms ceturtdien plānotās ES iekšlietu ministru tikšanās Luksemburgā.
Viņš sacīja, ka imigrantu plūsma neapsīks, ja ES turpinās ļaut tiem pieteikties uz patvērumu pēc "izglābšanas" Vidusjūrā.
ES iekšlietu ministri ceturtdien plāno apspriest vienošanās par migrantu aizturēšanu un deportēšanu ar trešajām valstīm, kas nav bloka dalībvalstis un nav arī migrantu izcelsmes valstis. Tostarp tiks apspriestas iespējamās vienošanās ar Āfrikas valstīm.
Apspriesti varētu tikt arī ES plāni "pārdalīt" migrantus, kuriem piešķirts patvērums, kā arī Grieķijas situācija.
Kritiķi apgalvo, ka Grieķijā ir pārāk maz "karsto punktu", kur migranti tiek reģistrēti un izmitināti, kamēr tiek izvērtētas to tiesības uz patvērumu.