J.Pujats izpelnījās tik lielu bīskapa Julijana Vaivoda uzticību, ka 1979. gadā viņš to iecēla par savu ģenerālvikāru, neraugoties uz to, ka pēc Baznīcas kanonu likumiem priekšroka bija dodama palīgbīskapam.
Jau septiņdesmitajos gados, strādājot Garīgajā seminārā, riskēdams ne tikai ar savu darbu, bet arī ar brīvību, J. Pujats pavairoja ticības pamatjautājumus skaidrojošo grāmatiņu – katehismu, un paslepus to nogādāja prāvestiem. Vēlāk viņam izdevās dabūt oficiālu atļauju lūgšanu grāmatā ievietot katehismu ar nosaukumu – Lasīšanai svētdienās.
Otrs darbības virziens bija Liturģijas reforma pēc Vatikāna II koncila. J.Pujats strādāja kā liturģiskas profesors Garīgajā seminārā. Lai īstenotu reformu Latvijā līdz galam, viņam vajadzēja izstrādāt izmaiņas ceremonijās, Sv. Mises darbībās, iztulkot un izdot jaunas rituālgrāmatas, Misāli, lekcionārijus, lūgšanu grāmatas, kas atbilstu liturģiskajai reformai. Tas prasīja lielu piepūli un daudzas negulētas naktis.
To visu redzēja bīskaps Julijans, un kad 1982. gadā vajadzēja izvirzīt kandidātus nākamā bīskapa amatam, viņš bez šaubīšanās izvirzīja savu ģenerālvikāru J.Pujatu. Bet padomju iestādes viņam šo ieceri īstenot neļāva. Tomēr tas realizējās 1991. gada 8. maijā, kad J.Pujats tika iecelts par Rīgas Metropolijas arhibīskapu – metropolītu.
J. Pujats organizēja pāvesta uzņemšanu 1993. gadā un palīdzēja vienoties par vairākiem Baznīcas legālā statusa jautājumiem pagājušā gadsimta 90. gadu sākumā, kas deva pamatu līgumam starp Latvijas valsti un Vatikānu 2000. gada novembrī.
2001. gadā pāvests paziņoja, ka Pujats ir bijis kardināls In Pectore jeb kardināls noslēpumā kopš 1998.gada.
Kardināla priesterības jubilejas dievkalpojumā piedalīsies Svētā Krēsla apustuliskais nuncijs Baltijas valstīs, arhibīskaps Luidži Bonaci, Rīgas arhidiecēzes priesteri, Latvijas Evaņģēliski luteriskās Baznīcas arhibīskaps Jānis Vanags, Rīgas un visas Latvijas Pareizticīgo Baznīcas Metropolīts Aleksandrs, Latvijas Baptistu Draudžu savienības bīskaps Pēteris Sproģis, Saeimas spīkere Solvita Āboltiņa, Rīgas Domes priekšsēdētājs Nils Ušakovs, bijušie Latvijas Republikas vēstnieki pie Svētā Krēsla Aija Odiņa un Alberts Sarkanis, Itālijas Republikas ārkārtējais un pilnvarotais vēstnieks Latvijas Republikā Frančesko Pučio, Polijas Republikas ārkārtējā un pilnvarotā vēstnieka Latvijas Republikā I padomniece Danute Kučinska.