Viņš minētajā amatā ievēlēts ar absolūto balsu vairākumu.
EP cilvēktiesību komisārs vada neatkarīgu EP institūciju, kurai dots mandāts veicināt cilvēktiesību ievērošanu padomes 47 dalībvalstīs. Komisāram jāsadarbojas ar plašu starptautisko un nacionālo institūciju loku. Institūcijas starpvaldību partneri ietver ANO un tās specializētās iestādes, Eiropas Savienību un Eiropas Drošības un sadarbības organizāciju, kā arī vadošās cilvēktiesību nevalstiskās organizācijas, universitātes un domnīcas.
Balsojumā Muižniekam bija divi konkurenti - Beļģijas pārstāvis Pjērs-Īvs Monets un Nīderlandes pārstāvis Frans Timmermans. Visi trīs pērn pārvarēja vēlēšanu pirmo kārtu, kurā tika pieteikti pieci kandidāti. Latvijas Ārlietu ministrija iepriekš informēja, ka Muižnieks pirmajā kārtā saņēma visvairāk balsu. Latvijas izvirzītais kandidāts Muižnieks saņēma 120 balsis. Kandidāts no Nīderlandes Franss Timmermans saņēma 92, bet kandidāts no Beļģijas Pjērs-Īvs Monets - 27 balsis.
"Šis mūsu valstij ir milzīgs panākums, jo pirmo reizi tik augstā amatā starptautiskā organizācijā ir ievēlēts Latvijas virzīts kandidāts. No sirds apsveicu Nilu Muižnieku," uzzinot par Muižnieka ievēlēšanu, uzsvēra ārlietu ministrs Edgars Rinkēvičs. "Šāds panākums bija iespējams, pateicoties visu iesaistīto Latvijas institūciju vienprātīgam, koordinētam un mērķtiecīgam darbam. Īpaši par šo vēlos personīgi pateikties Ministru prezidentam Valdim Dombrovskim, Saeimas priekšsēdētājai Solvitai Āboltiņai, Latvijas vēstniecei Eiropas Padomē Aigai Liepiņai un pārstāvniecības darbiniekiem, Latvijas delegācijai Eiropas Padomes Parlamentārajā Asamblejā, Saeimas Ārlietu komisijai, Saeimas Eiropas lietu komisijai, Ārlietu ministrijas kolektīvam, visiem, kas ar savu profesionālo māku, zināšanām un ieguldīto enerģiju panāca, lai Latvijas kandidāts tiktu ievēlēts augstajā Eiropas Padomes Cilvēktiesību komisāra amatā, " teica ārlietu ministrs.
Muižnieks amatā nomainīs līdzšinējo EP cilvēktiesību komisāru Tomasu Hamerbergu no Zviedrijas, kurš savus pienākumus sāka pildīt 2006.gada 1.aprīlī.
Aģentūras LETA arhīvs liecina, ka Muižnieks dzimis 1964.gada 31.janvārī Losandželosā, ASV. 1993.gadā viņš pārcēlies uz dzīvi Latvijā. 1984.gadā Muižnieks beidzis Grenobles universitāti Francijā, 1985.gadā studējis Monterejas Starptautisko attiecību institūtā, 1986.gadā beidzis Prinstonas universitāti, iegūstot bakalaura grādu politoloģijā, 1987.gadā studējis Rietumu Mičiganas universitātē un 1988.gadā beidzis Kalifornijas Berklija universitāti, iegūstot maģistra grādu politoloģijā. 1993.gadā Muižnieks aizstāvējis disertāciju.
Muižnieks bijis īpašu ministrs sabiedrības integrācijas lietās Eināra Repšes un Induļa Emša valdībās. 2009.gada nogalē ievēlēts par Eiropas Padomes komisijas pret rasismu un neiecietību priekšsēdētāju.
2005.gadā Ārlietu ministrija jau bija virzījusi Muižnieku Eiropas Padomes cilvēktiesību komisāra amatam, taču toreiz viņš piekāpās zviedram Hamerbergam.
(papildināts ar ārlietu ministra komentāru)